重庆动植物资源丰富。有野生动物600余种，包括金丝猴，华南虎，蜂猴，黑鹳等近100种国家重点保护珍稀动物。有植物6000多种，其中栽培植物560多种，主要是水稻，玉米，小麦，红薯等，还有油菜，茶叶，花生，烤烟等经济作物。果树主要有柑橘，甜橙，柚，李，桃等。药用植物资源丰富，主要有黄连，白术，天麻，杜仲，金银花，党参等，是全国重要的中药材产地之一。 

重庆是全国大中城市中矿产资源最丰富的地区之一。已发现矿产81种，初步探明的矿产40多种，探明矿藏产地353处，储量矿产潜在价值3882亿元。优势矿产有煤，天然气，锰，汞，铝，锶等。探明煤储量33亿吨，是我国南方煤炭生产的重要基地。天然气探明储量3200亿立方米，其中垫江卧龙河气田开采量位居全国第一。锶矿是重庆最具特色的优势矿种，储量和质量均居全国之首。锰矿探明储量3700万吨，位居全国第二。钒，钼，钡储量居全国第三。分布在秀山，酉阳的泵矿是全国罕见的特大型矿床，已探明储量1.9万吨。此外还有岩盐，重晶石，萤石，石灰石，硅等非重金属矿产。

重庆境内江河纵横，水网密布，水能蕴藏量巨大，极具开发潜力。以600余公里长江干流为线，汇集嘉陵江、渠江、涪江、乌江、大宁河等五大支流及上百条小河流。年平均水资源总量在5000亿立方米左右，每平方公里水面积全国第一，水能资源理论蕴藏量为1438.28万千瓦，可开发量750万千瓦，全市每平方公里拥有可开发水电总装机容量是全国平均数的3倍，水能资源开发量在全国城市中名列前茅。此外，还有丰富的地下热能和饮用矿泉水，开发潜力巨大。